荷兰殖民主义者在台湾的残酷统治，激起了台湾各族人民的愤怒反抗。从荷兰人侵台湾的那一天起，无论在高山族聚居地区，还是在汉族聚居地区，都发生过许多次反抗斗争。
　　明天启四年（1624）目加溜湾社200多名高山族同胞在汉族人民的支持下，袭击荷军堡垒，放火烧毁栅栏，迫使敌人逃窜。1628年，新港社高山族人民揭竿而起，麻豆、目加溜湾等社高山族人民闻风响应。1636年9月，麻豆社高山族人民袭击并杀死住在当地的荷兰侵略者60余人，并联合肖垅、目加溜湾等社共同抵抗荷兰援兵，最后终因弹药不济，麻豆、肖垅二社陷入敌手。据统计，从1641年到1643年，三年时间内，就有58个高山族村社武装反抗荷兰侵略者，给侵略者以沉重的打击。

　　台湾人民反抗荷兰侵略者最大的一次斗争，是1650年由郭怀一领导的抗荷起义。

　　郭怀一本是郑芝龙（活动在中国东南沿海的海上武装集团的代表人物，郑成功的父亲）的旧部，郑芝龙投降明朝后，郭怀一依旧留在台湾南部，从事农垦，积有相当的资产，在由福建、广东迁居台湾的汉族人中具有很高的威望，因而长期担任赤嵌城附近的士美村的长老。他虽然因为自己的地位关系，不得不常常跟荷兰人打交道，但是也正是因为如此，他目睹台湾同胞备受荷兰人的种种欺压、凌辱，十分愤恨，对荷兰人的贪婪与残暴也了解得比别人更加透彻，对于台湾各族人民遭受荷兰人的欺凌与压迫更加抱有深切的同情。

　　郭怀一早就有驱逐荷兰人的打算，他纠集闽、粤同志密谋起义。他激励大家说：“诸位为红毛所虐待，不久都将被逼死。同是一死，不如大家一齐起来，跟红毛拼一拼。战而胜，台湾就还给我们，大家同享自由；否则，也不过一死。”大家听了郭怀一的慷慨陈词，觉得事实确是如此，在走投无路的情况下，也就只好拼一拼了。

　　1650年的7、8月间，农业收获季节将到，这正是荷兰人疯狂掠夺农业生产果实的时候。士美村的许多村民常到郭怀一那里诉苦，有的说自己种的庄稼长势很好，但是收割下来，缴了荷兰人规定的苛捐杂税就所剩无几，一家老少要吃要穿，怎能应付得过来？另有一些家里劳动力少、孩子多的村民，景况更为凄惨，他们告诉郭怀一，田里的这点收成，要是都归自己所有，尚且难以保证全家人的温饱，再让荷兰人夺走一多半，那全家就得挨饿受冻了。大伙儿都希望郭怀一能够帮助他们出出主意。郭怀一听了一家一家的诉说，心里像是刀绞似的难过。他找了许多当年一起从福建。广东渡海来到台湾的汉族人商议，看看大家有什么办法，如何才能帮助大伙儿渡过难关。

　　他们商量来商量去，觉得实在没有什么好办法，唯一办法只有反抗。最后，郭怀一集中了大家的意见，计划在这年中秋节晚上，由郭怀一以“大结首”的身份，宴请荷兰官吏、商人和军官，把他们灌醉，出其不意，把他们一网打尽，然后乘势夺回赤嵌城。

　　不料，由于消息泄漏，荷兰殖民主义者已经有了防备，他们声称今年按惯例要举行的宴会取消，他们不再到士美村来庆祝中国人的中秋节了。郭怀一眼看形势发生变化；赶快与他的好友吴化龙等召集一些最亲密的人一起来商量对策。他们经过再三研究以后认为，只要提前发动，也许荷兰人还来不及采取行动，于是大家便分头去联络。他们很快就联络起了几千人，提前8天，于阴历八月初七发动起义。

　　八月初七日，郭怀一带领群众袭击赤嵌城，搜杀荷兰人，焚烧街市，得到台湾人民的热烈响应。义旗一举，士美村及赤嵌城邻近地区各村寨的村民纷纷起来响应，，起义队伍很快发展到1.6万人。他们高举着竹竿、木棒、锄头等原始武器，呼喊着“驱逐红毛鬼”的口号，冲进赤嵌城里，一下占领了这座城市。

　　荷兰殖民主义者见赤嵌城被占领，恼羞成怒，从附近地方调来许多军队进行镇压。他们用猛烈炮火围攻赤嵌城，双方发生了激烈的战斗。起义军虽然作战十分勇敢，但竹竿、木棒、锄头敌不过殖民军的猛烈炮火。第二天早晨，荷兰侵略军派队长但克尔率120人驰援，与赤嵌城残兵败将会合，举行反攻。郭怀一率部退人赤嵌镇，又放弃赤嵌城，急渡二仁溪，凭溪固守。当日，荷兰殖民当局急召新港、麻豆、肖垅目加溜湾等社之台湾“土番”2000人助战，初八日，荷军由“土番”带路，循至二仁溪上游，涉水而过，两军激战终日。郭怀一身先士卒，冒着炮火，指挥起义军向荷兰殖民者勇猛冲杀 ，战斗中，郭怀一不幸中弹牺牲，其部下1800多人也英勇就义。

　　起义民众在吴化龙率领下突围退至欧汪、大湖（今高雄市郊区）一带，继续坚持了8天，最后因粮尽援绝，除少数人逃走以外，绝大多数人壮烈牺牲。起义最后失败了。

　　事后，荷兰侵略军对台湾人民进行了血腥的屠杀。起义军的一位副首领龙官被活活烧死，尸体拉在马后，游城示众，然后把头颅割下挂在竿上。血腥屠杀足足持续了半个月之久。仅仅在赤嵌地区，汉族民众被捕4000余人，被杀1800余人，5000名妇女及一些儿童被俘或被杀，大约占赤嵌地区汉族人口的4／5。这是荷兰殖民者在台湾欠下的一笔血债。

　　郭怀一领导的抗荷起义虽然在侵略者的血腥镇压下失败了，但它展示了中国人民反对外来侵略的伟大力量。这次起义在台湾人民心中留下了深刻的印象。起义者的鲜血促使台湾人民觉醒，使他们认清了，只有跟殖民主义者进行殊死的斗争才有出路。台湾各族人民决心继续进行斗争，并渴望得到祖国人民的支援，早日收复台湾，驱逐荷兰殖民者。10年以后，在郑成功渡海驱逐荷兰殖民主义者时，成千上万的台湾人民起来响应，终于把荷兰人逐出了台湾。